Kết cục của Vệ Thương công được sử sách đề cập không giống nhau.

Theo Tả Truyện, năm 548 TCN, Vệ Hiến công bắt đầu tìm đường về nước, đến đất Di Nghi. Con Ninh Thực là Ninh Hỉ bàn với Hiến công phải nhờ công tử Tử Tiễn. Mẹ Hiến công và Thương công là Kính Tự nài nỉ người em là Tử Tiễn giúp Vệ Hiến công về nước. Vệ Hiến công hứa với Ninh Hỉ nếu về được nước sẽ giao quyền chính cho họ Ninh, còn mình chỉ giữ thờ tự. Ninh Hỉ bàn với Cừ Bá Ngọc không được đồng tình, bèn bàn với Hữu tể Cốc đều, quyết định làm binh biến.Vệ Thương công giao quyền chính cho Tôn Lâm Phủ. Lâm Phủ giữ ấp Thích, sai con là Tôn Gia đi sứ nước Tề, người con khác là Tôn Tương giữ kinh đô nước Vệ.Tháng 2 năm 547 TCN, Ninh Hỉ và Hữu tể Cốc mang quân đánh Tôn Tương tại kinh đô. Tôn Tương bị thương chạy về nhà cố thủ, đến nửa đêm đó thì chết. Nghe tin nhà họ Tôn khóc, Ninh Hỉ biết không còn ai bảo vệ cho Vệ Thương công, bèn mang quân đánh vào cung. Vệ Thương công bị quân Ninh Hỉ sát hại.Theo Sử ký, năm 547 TCN, Ninh Hỉ và Tôn Lâm Phủ xảy ra bất hòa. Vệ Thương công tin theo Ninh Hỉ đánh họ Tôn. Tôn Lâm Phủ sang nước Tấn xin vua Tấn giúp Vệ Hiến công về nước. Tề Cảnh công bèn cùng Vệ Hiến công sang Tấn xin. Tấn Bình công bèn đem quân đánh Vệ, dụ Vệ Thương công sang Tấn. Thương công và Ninh Hỉ phải sang yết kiến Tấn Bình công, liền bị bắt giữ. Vua Tấn đưa Hiến công về nước. Sau đó không rõ kết cục của Vệ Thương công.